Awal berdirinya Muhammadiyah, KH. Ahmad Dahlan ingin melaksanakan pembaharuan dan perubahan di Indonesia, baik budaya, ke-Islaman, sosial masyarakat maupun sistem pendidikan. Beliau ingin mengubah paradigma dan image pendidikan pada jaman itu yang tergolong tradisional dan terbelakang. KH. Ahmad Dahlan mencoba “mendobrak”, dengan mendirikan sekolah-sekolah Muhammadiyah yang menerapkan sistem pendidikan modern, elegan dan Islami.

Guna menyukseskan program pemerintah yang termaktub dalam pembukaan UUD 1945 yaitu mencerdaskan kehidupan bangsa, Muhammadiyah mulai menginventarisir amal usaha Muhammadiyah dalam pendidikan seperti: sekolah, madrasah dan pondok pesantren. Keberadaan lembaga pendidikan tersebut diupayakan mengintegrasikan pendidikan umum dengan memasukkan nilai-nilai ke-Islaman dan kemuhammadiyahan di dalam kurikulumnya. Salah satu amal usaha Muhammadiyah bernaung dalam Majelis Pendidikan Dasar dan Menengah khususnya di kota Probolinggo adalah  MI Muhammadiyah 1.

MI Muhammadiyah 1 didirikan pada tahun 1933, dengan nama diniyah Muhammadiyah berlokasi di Jalan Ahmad Yani. Sejarahnya, MI Muhammadiyah banyak mengalami perubahan-perubahan baik letak sekolah dan nama. Pada tahun 1940 bernama Sealec School Muhammadiyah (nama yang terdaftar di pemerintah kolonial Belanda) berlokasi di Jalan Panglima Sudirman, kemudian pada tahun 1942 berubah nama menjadi Sekolah Rakyat yang berlokasi di Jalan Cokroaminoto Gg. Siam. Pada tahun 1970-an MI Muhammadiyah 1 direlokasi di jalan dr. Wahidin karena mendapat tanah hibah dan sebagian membeli kepada asisten Wedono Sudirman yang sekarang menjadi hak milik MI Muhammadiyah 1.

Sehubungan dengan banyaknya prestasi serta program unggulan yaitu full day school (mulai tahun pelajaran 2005/2006), MI Muhammadiyah 1 mendapat perhatian dan kepercayaan dari masyarakat kota Probolinggo sehingga banyak peminat untuk menyekolahkan putra/putrinya. Berawal  dari tahun 2007, MI Muhammadiyah 1 mengadakan perluasan madrasah dengan membeli tanah dan bangunan eks Bimbingan Belajar DUVO.  Saat ini MI Muhammadiyah 1 beralamatkan di jalan Diponegoro 15 Kelurahan Sukabumi Kecamatan Mayangan Kota Probolinggo, dengan luas tanah yang dimiliki 2.371 m2

Sejak didirikan, Kepala Sekolah yang pernah mendapat amanah penuh dari persyarikatan Muhammadiyah kota Probolinggo untuk memimpin dan menangani adalah sebagai berikut:

1. AM. JA'FAR (awal berdiri – 1945)
2. ABD. KAHIR (awal 1945 – 1948)
3. H. SUKARDIMAN (tahun 1948 – 1989)
4. Hj. DEWI AMINAH (tahun 1989 – 2001)
5. HANAFI, S.Ag., M.Pd. (tahun 2001 – sekarang)